临床医学技术系下设内科教研室、外科教研室、口腔医学技术教研室、眼视光教研室、妇产科教研室、儿科教研室、中医教研室、预防医学教研室等8个教研室和一个临床技能实训中心。开设有临床医学、眼视光技术、医学口腔技术、卫生信息管理、医用电子仪器与维修、计划生育技术等六个专业,此外,系部兼负责漳州市乡镇卫生院医师培训及乡村医生的培训。
系部承担学院医学及医学相关类专业课程(口腔医学技术、眼视光技术、卫生信息管理)的理论和实践教学任务,主要课程有诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、眼耳鼻喉科学、传染病学、预防医学、中医学、口腔内科学、口腔頜面外科学、口腔修复学、固定义齿工艺技术、可摘义齿工艺技术、配镜学、隐形眼镜技术、眼科疾病学、国际疾病分类、医院管理学、卫生统计学等。其中检体诊断学获省级精品课程(2008年5月)。